بطور یقین دستیابی به نتایج صحیح و کیفیت کار مهم ترین شاخص در آزمایشگاه پزشکی می باشد. با توجه به حجم کار و تنوع فعالیتهای فنی در آزمایشگاههای پزشکی نمی توان ادعا کرد که امکان به صفر رساندن خطاهای آزمایشگاهی وجود دارد و بر طبق استاندارد های جهانی نیز ضرایب خطای مجاز برای آزمایشگاهها در نظر گرفته می شود ولیکن با استفاده از سیستم های مختلف و کنترل مستمر کیفیت می توان احتمال وقوع این خطاها را به حداقل ممکن رسانید.

این مهم از بدو ورود بیمار به آزمایشگاه و یا حتی قبل از آن تا زمان تحویل جواب الزامی می باشد. باید توجه داشت که نتایج آزمون ها متاثر از عوامل مختلفی میتوانند باشند که بعضی از آنها به قبل از شروع آزمایش بر می گردد. لذا شرایط قبل از آزمایش بسیار مهم می باشد و مواد غذایی و دارویی مصرفی می توانند در بعضی از آزمونها تداخل ایجاد نمایند. به علت استفاده از سیستم های خون گیری بسته در نمونه گیری آزمایشگاه جردن در انجام آزمایشها نیز از انواع سیستم های مختلف کنترل کیفیت استفاده می گردد.

از جمله به کار بردن نمونه های کنترل تجاری با مقادیر مشخص به عنوان internal control که این کار به صورت روزانه انجام گرفته و در نرم افزارهای خاص آن ثبت می گردد. استفاده از professional tests به عنوان یکی از مبانی external control در مبحث کنترل کیفیت کمک بزرگی به آزمایشگاه جهت مقایسه وضعیت آزمایشگاه با سایر آزمایشگاه ها می نماید.

برای این منظور در حال حاضر آزمایشگاه جردن از سه سیستم مختلف استفاده می نماید:

1. عضویت در سیستم کنترل کیفیت انجمن های علمی علوم آزمایشگاهی ایران
2. قراردارد با مرکز کنترل کیفی فنلاند از سال 2005 میلادی که از جمله معتبر ترین مراکز کنترل کیفی بین المللی است.
3. قرارداد با مرکز کنترل کیفی biosystem اسپانیا.